以下关于神秘点猛蚁的生物分类地位，尽可能遵照最新的分类系统构建，并以物种网数据库中的关联顺序排列展开。但是，不同学者往往在分类问题上存在意见分歧，本系统立足本站观点，结果仅供参考。

└·生物分类系统(Biota By Systema Naturae)
 └·真核生物域(Eukaryota)
  └·动物界(Animalia)
   └·两侧对称动物亚界(Bilateria)
    └·原口动物支(Protostomia)
     └·蜕皮动物次亚界(Ecdysozoa)
      └·裂足动物超门(Panarthropoda)
       └·节肢动物门(Arthropoda)
        └·六足动物亚门(Hexapoda)
         └·昆虫纲(Insecta)
          └·膜翅目(Hymenoptera)
           └·细腰亚目(Apocrita)
            └·胡蜂总科(Vespoidea)
             └·蚁科(Formicidae)
              └·钝猛蚁亚科(Amblyoponinae)
               └·点猛蚁属(Stigmatomma)
                └·神秘点猛蚁(Stigmatomma crypticum)